Als unterste Bodenschicht spielen Moose neben Pilzen, Sauerklee und Haselwurz eine wichtige Bedeutung im Ökosystem. Sei es als Lebensraum, Versteck oder Nahrungsquelle für viele Insekten, Reptilien und Kleintiere wie Mäuse oder Igel. Viele Moosarten sind zudem von Bedeutung bei der Speicherung und langsamen Abgabe von großen Wassermengen in Heiden, Mooren, Wäldern und Wiesen bei Niederschlägen.
Denn Moose können ein Vielfaches von ihrem Gewicht an Feuchtigkeit und Regenwasser speichern.
Ohne die hohe Saugfähigkeit von Moos würde das Wasser schneller abfließen, anstatt langsam im Boden zu versickern. Der Boden würde vom Regen nach und nach ausgewaschen werden und eine Bodenerosion wäre die Folge. Außerdem sind viele Moosarten in der Lage, Nährstoffe aus dem Niederschlag zu ziehen und ihrer Umgebung zur Verfügung zu stellen. Moose wachsen auf Felsen, Steinen sowie auf Holz und auf der Baumrinde, ohne diese zu schaden. Aus diesem Grund sollte Moos auch nicht von Pflanzen bzw. Gartenbäumen entfernt werden.
Bioindikatoren (Zeigerpflanzen)
Moose sind natürliche vorkommende Bioindikatoren, die Schadstoffe in der Umwelt und im Ökosystem anzeigen können: Beispiele sind die Übersäuerung von Böden und Gewässern, der Schwefel-Gehalt in der Luft oder insbesondere Schwermetalle. Im Vergleich zu anderen Pflanzen reagieren Moose auf Umweltverschmutzungen schneller, weil sie keine Wurzeln haben.
Noch wichtiger ist, dass Moose Schadstoffe aus der Luft oder durch Niederschläge sehr gut mit ihrer relativ großen Oberfläche aufnehmen können.
Diese Fähigkeit teilen sie mit anderen Zeigerpflanzen wie z.B. Flechten.
Durch die intensive Forstwirtschaft und Landwirtschaft (z.B. Totholz-Beseitigung), Reduzierung von Feuchtgebieten, Schadstoff-Immissionen und das Absinken des Grundwasserspiegels sind viele Moose in ihrer Existenz gefährdet.
Sie stehen deshalb unter Naturschutz. Auskunft über den aktuellen Gefährdungsgrad von Moos-Arten in Deutschland geben die Roten Listen der Landesämter für Natur und Umweltschutz in den jeweiligen Bundesländern.